สัญลักษณ์ประจำโรงเรียนพระปรมาภิไธยย่อ จ.ป.ร. ครอบจุลมงกุฎ ประดิษฐานบนพญานาคสองหัว มีชื่อโรงเรียน "บวรนิเวศ" อยู่กลางลำตัวพญานาคความหมาย"จ.ป.ร" หมายถึง พระปรมาภิไธยย่อของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว องค์พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้จัดตั้งโรงเรียนวัดบวรนิเวศ เป็นสาขาของมหามกุฏราชวิทยาลัย"จุลมงกุฏ" พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะที่ทรงผนวชและประทับที่วัดบวรนิเวศวิหาร ซึ่งยังทรงพระเยาว์ยังมิได้เป็นพระมหากษัตริย์"พญานาค" หมายถึง พระองค์เจ้ามนุษยนาคมานพ ซึ่งเป็นพระนามเดิมของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ผู้ทรงวางรากฐานการศึกษา ของโรงเรียนวัดบวรนิเวศพระองค์แรกสีประจำโรงเรียนเหลือง - ดำสีเหลือง เป็นสีของพระพุทธศาสนา หมายถึงเป็นผู้มีคุณธรรม มีจิตใจสะอาด บริสุทธิ์ สีดำ เป็นสีแห่งความเข้มแข็ง มั่นคง เด็ดเดี่ยวและกล้าหาญคติพจน์ - สุภาษิตคติพจน์ เรียนดี มีวินัย ใจสะอาด สุภาษิต ปญฺญา นรานํ รตนํ หมายถึง ปัญญาเป็นรัตนะของนรชนสิริมงคลสูงสุดของโรงเรียนวัดบวรนิเวศโรงเรียนวัดบวรนิเวศเกิดแต่พระมหากษัตริย์ พระบรมวงศานุวงศ์ และสมเด็จพระสังฆราชมาโดยตลอด ตั้งแต่เริ่มก่อตั้งโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน กล่าวคือ ๑. พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๕) ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งโรงเรียนวัดบวรนิเวศขึ้นเป็นสาขาหนึ่งของมหามกุฏราชวิทยาลัย ในวันที่ ๒๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๔๓๖ ซึ่งถือเป็นวันสถาปนาโรงเรียน๒. พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๖) พระองค์ทรงเป็นประธานจัดสร้างตึกเรียน ๒ ชั้น และพระราชทานนามว่า "ตึกมนุษยนาค วิทยาทาน" ตามพระนามเดืมของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส (พระองค์เจ้ามนุษยนาคมานพ) เพื่อถวายเป็นอนุสรณ์แด่พระองค์ท่าน พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จเปิดตึกหลังนี้ เมื่อวันที่ ๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๖๗ ปัจจุบัน(พ.ศ.๒๕๔๕) กรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแล้ว และผ่านการบูรณะซ่อมแซมจนสวยงาม ปัจจุบันใช้เป็นพิพิธภัณฑ์ของวัดบวรนิเวศวิหาร๓. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช (รัชกาลที่ ๙) ทรงพระราชทานนาม "ตึกวชิรญาณวงศ์" เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ พระองค์เสด็จเปิดตึกเมื่อวันที่ ๒๒ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๐๗ และพระองค์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ อนุญาตให้ใช้ตรา จ.ป.ร.เป็น เครื่องหมายประจำโรงเรียน ปัจจุบันได้รับการบูรณะใหม่ทั้งหลังและยังใช้เป็นอาคารเรียนจนถึงปัจุบัน๔. พระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าหญิงอรพินทุ์เพ็ญภาค พระราชธิดาเจ้าจอมในรัชกาลที่ ๕ ทรงสร้างตึกเรียนชั้นเดียวมี ๗ ห้อง ถวายสมเด็จ พระมหาสมณเจ้าฯ ให้เป็นสถานศึกษาของโรงเรียนวัดบวรนิเวศ๕. สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวโรรส พระราชโอรสในรัชกาลที่ ๔ ทรงเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ ๓ ของวัดบวรนิเวศวิหาร ทรงเป็นพระราช อุปัชยาจารย์ ในรัชกาลที่ ๖ และรัชกาลที่ ๗ พระองค์ทรงเป็นผู้จัดการวางรากฐานทางด้านการศึกษาอย่างดีเลิศให้กับโรงเรียนวัดบวรนิเวศเป็นพระองค์แรก และ ทรงเป็นครูพิเศษด้วย จึงนับได้ว่าท่านเป็น "พระราชบิดา" ของนักเรียนโรงเรียนวัดบวรนิเวศ๖. สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ (ม.ร.ว.ชื่น นพวงศ์) ทรงเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ ๔ ของวัดบวรนิเวศวิหาร ในสมัยรัชกาลที่ ๘ ได้รับ สถาปนาเป็น สมเด็จพระสังฆราช องค์ที่ ๑๓ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ พระองค์ทรงเป็นพระราชอุปัชยาจารย์ในรัชกาลที่ ๙ และทรงเป็นเปรียญครูองค์ที่ ๒ ของ โรงเรียนวัดบวรนิเวศ๗. สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก (เจริญ คชวัตร) เจ้าอาวาสองค์ที่ ๖ ของวัดบวรนิเวศวิหาร ในสมัยรัชกาลที่ ๙ ได้รับสถาปนาเป็น สมเด็จพระสังฆราชองค์ที่ ๑๙ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์พระองค์ทรงเป็นองค์อุปถัมถ์โรงเรียน ได้ประทานอาคารเรียน "สมเด็จพระญาณสังวร" ให้กับโรงเรียนวัดบวรนิเวศ เป็นอาคารแฝด ๕ ชั้น สร้างด้วยทรัพย์ส่วนพระองค์ที่ผู้มีจิตศรัทธานำมาถวาย
